Trois Centres de Ressources Biologiques regroupés dans deux institutions, le Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH) et l'Institut Curie, centralisent et stockent les échantillons biologiques collectés dans le cadre de COBLAnCE.
Les prélèvements sont réalisés à l'aide de kits comportant tous un code barre permettant l'anonymisation et la traçabilité des échantillons. Les échantillons biologiques ainsi collectés dans les centres investigateurs sont ensuite transférés vers les CRB où ils sont enregistrés grâce à leurs codes à barres. Les extractions moléculaires (ADN, ARN et protéines) sont réalisées de façon automatisées dans chacun de ces CRB et font l'objet de contrôles qualité (quantité et intégrité des acides nucléiques et des protéines, vérification du genre).
Les échantillons de sang, d'urine et d'ongle et de leurs dérivés
Les tubes de sang recueillis auprès des 1800 patients ont permis au CEPH d'extraire de l'ADN et des ARN à partir de la plupart des échantillons collectés (respectivement 99.3% et 98.8% des prélèvements). Des tubes de plasma ont également été congelés à partir de la quasi-totalité des tubes de sang réceptionnés au CEPH.
Le génotypage de 700000 polymorphismes génétiques a été réalisé sur la totalité des ADN sanguins de la cohorte par le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) à l'aide d'une puce GSA-Illumina.
Un dosage protéique a été réalisé par le laboratoire biochimie de l'hôpital Foch (Suresnes-92) et a permis d'obtenir les taux de protéine C présente dans le plasma de tous les patients de la cohorte.
Les urines ont pu être recueillies pour un peu plus de 90% des patients lors de leur l'inclusion dans l'étude. L'ADN a été extrait de quasiment tous ces prélèvements et les ARN ont été extraits pour 68% d'entre eux. Des protéines urinaires (sous forme de culot ou de surnageant) ont été congelées pour 87% des échantillons urinaires d'inclusion.
Les ongles ont été collectés auprès de 64% des patients inclus dans COBLAnCE.
Les échantillons de tissu tumoral et leurs dérivés
Lors de l'inclusion, les tumeurs congelées ont été collectées pour plus de 77% des patients et les tumeurs en paraffine ont été recueillies pour 92% des patients.
L'ADN a été extrait pour plus de 96% des tumeurs congelées à l'inclusion. Les ARN ont été extraits de plus de 88% de ces mêmes prélèvements. Les 2/3 de ces ARN ont été séquencés par la plateforme de l'institut Curie.